六堡茶与普洱茶等黑茶一样，在制作过程中有一道特殊的工序是“沤堆”，它是形成黑茶品质特征最关键的一步。在这一工序中微生物发挥了重要作用。

　　整个“沤堆”过程中主要发生了多酚类为主体的一系列复杂剧烈的生物转化反应和氧化反应。生物转化反应是以微生物分泌的胞外酶进行的酶促催化反应为主。但需要注意的是，这些微生物并不是茶叶本身所带有的，而是加工环境中的微生物自然接种到沤堆茶叶上去的。不过，现在也可人工添加优势菌种进行渥堆处理。现已证实，普洱茶中的微生物主要为黑曲霉(AspergiUusniger)、棒曲霉(Aspergillus－clauatus)、灰绿曲霉(Aspergillusglauctls)、根霉(Rlfizopus chirlehsis)、乳酸菌(Loctobacillus them~ophilus)及酵母(Yeast)等。这些有益的微生物对人体的作用表现在黑茶上主要有两方面：第一，形成黑茶良好的品质特征，形成甘滑、醇厚和陈香等特点；第二，代谢有益物质在茶中增强黑茶保健功效，形成六大茶类中的颇具特色的黑茶风味。